EMEF je od listopada 2012. godine član EuroMeSCo-a, međunarodne mreže istraživačkih centara o politikama i sigurnosti na Mediteranu, koja je osnovana 1996. godine kao jedna od važnijih mjera za izgradnju povjerenja u okviru Barcelonskog procesa. Objedinjuje 62 instituta i think-tanka iz 34 zemlje članice Unije za Mediteran, te 26 organizacija u statusu promatrača.